二周目开启后，玩家将面临更复杂的剧情线与隐藏要素探索。首要任务是前往对战开拓区，该区域包含七种不同规则的对战设施，每种设施均需针对性调整队伍配置。建议优先挑战对战塔，其双打模式要求队伍具备联防能力，而工厂的随机租借机制则考验临时战术应变。完成全部设施挑战后可获得开拓之证，并解锁隐藏剧情对话。
天空之柱是二周目关键地点，需使用风马自行车加速通过断裂路面。顶层将触发裂空座捕捉剧情，该宝可梦建议携带专围或龙舞强化战术。流星瀑布深处新增的陨石事件需与德文公司研究员联动，完成后可解锁代欧奇希斯遭遇战，其四种形态切换机制需提前准备对应属性的克制技能。
隐藏神兽方面，三神柱的唤醒需先于134号水路海底洞窟解密。雷吉洛克需按特定顺序点亮洞内机关，雷吉艾斯与雷吉斯奇鲁则需通过钥匙系统跨版本联动解锁。拉帝欧斯/拉帝亚斯会在全地图随机游走，使用追踪道具可提高遭遇概率，但需注意其逃跑特性。
支线任务中，古辰遗迹的宝珠事件需反复与熔岩队成员交战，最终收服的古空棘鱼可解锁遗迹底层水池区域。武斗镇化石任务可获取根状或爪子化石，复活后的太古盔甲与摇篮百合适合沙暴队构建。凯那市食物失窃任务链最终需在下水道击败吼鲸王，其高血量需准备雷电系输出。
通关后要素包括丰缘图鉴升级为全国模式，部分原野区将出现前代宝可梦。训练师卡片星级评定需同步完成华丽大赛大师组挑战与开拓区全金象征收集。建议保留通关队伍中至少两只满努力值宝可梦，以应对四天王强化后的阵容。