蓝宝石是关键的剧情道具，其核心出现位置位于六之岛的遗迹山谷洞穴深处。玩家需从六之岛南部使用冲浪术抵达绿色小径，穿过森林后到达洞穴入口，使用一字斩打开封闭的石门。洞穴内部为多层迷宫结构，按照上、左、右、下的路线行进可抵达最深处，蓝宝石会出现在中央石台上。该宝石会被火箭队成员立即抢走，这是触发后续密码输入任务的必要条件。
获取蓝宝石的流程具有严格的前置条件。玩家需先完成五之岛回忆之塔的探索，并在仓库区域获得第一段密码提示。六之岛洞穴的蓝宝石事件将揭示第二段密码，两者结合才能解锁五之岛火箭队基地的电子门。此设计体现了游戏任务链的连贯性，蓝宝石不仅是剧情推进的关键物品，还承担着连接岛屿间逻辑关系的作用。实验室获取的三岛通行证和二号岛屿的寻人任务均为该事件的前置剧情。
从地图设计角度看，宝石放置位置具有明确的场景特征。六之岛洞穴被命名为变化洞窟，但未使用刷卡器时仅会出现超音蝠种群。洞穴内部结构采用经典箱庭式迷宫设计，蓝宝石所在区域通过单向路径与多层台阶构成空间纵深感，这种布局在第三世代Pokemon游戏中属于典型的环境叙事手法。开发者通过地形复杂度强化了道具获取的仪式感。
后续剧情中，夺回的蓝宝石需交予一之岛的研究员以开通跨区域通讯功能。该物品的最终用途与七之岛战斗塔、未知图腾遗迹共同构成二周目核心内容。数据挖掘显示，宝石事件触发后，游戏内野生精灵分布等级整体提升9-10级，这个隐藏机制证实了开发团队将宝石定位为难度分水岭的设计意图。七之岛本身的战斗塔区域并不产出宝石，这是玩家常见的认知误区。
从版本差异来看，火红4.0改版对原版宝石获取流程进行了优化。迷宫路线简化为线性路径，但新增了火箭队成员的对战环节。原版中需要反复横跨多个岛屿的密码输入环节，在改版中调整为连续剧情事件。这种调整降低了任务冗余度，但保留了蓝宝石作为区域连接媒介的核心功能。相关改动在哔哩哔哩等平台的攻略视频中有具体演示。