在游戏后期，副本选择的核心思路是优先挑战能获取高阶装备、镔铁、宝石等关键资源的副本。170级后开放的远征副本是必刷内容，通关后可获得大量镔铁用于提升兵器等级，同时解锁赵云、诸葛亮等强力武将的招募条件。建邺副本（130-139级）适合刷取高统御武将的进阶材料，需搭配许褚、周泰等武将阵容。每周双倍经验时段应集中攻略世界副本或联盟副本，这类副本的经验奖励可加速等级突破，而等级优势直接影响后期战力上限。
装备副本的优先级仅次于资源型副本，尤其是70级后紫装成为标配，需通过地狱难度副本刷齐套装。143级赵云副本是紫装主要产出地，但需注意其高难度特性，建议搭配真霸下、真驱虎等套装，并优先提升晶石技能至15阶以上。153级合肥副本则提供甘宁进阶材料，对紫将培养至关重要。副本挑战前需合理洗练装备属性，带兵属性的装备能通过战损转化更多经验，同时确保粮草储备充足，单次征战消耗约3万粮食。
地形适应性副本是后期容易被忽视的环节，需根据武将专精类型针对性攻略。例如水域副本推荐典韦或甘宁，山地副本优先选择黄忠，平原副本则依赖马超或张飞的突击能力。240级后的高阶副本对兵器等级有硬性要求，需通过每日国家任务积累镔铁，将兵器升至60级以上。战车系统的加入可大幅降低副本通关难度，双倍经验或双倍陨铁奖励的战车能显著提升效率。
跨服争霸赛副本和群雄割据剧本是检验后期实力的终极挑战，获胜后可兑换稀有御宝和觉醒酒。御宝淬火建议选择攻击、防御、血量加成属性，觉醒酒则用于激活武将联合觉醒技能。需注意每周限时开放的珍宝冲刺活动，配合丝绸锦囊可快速获取十珍宝资源。后期副本的容错率较低，建议参考副本攻略中的排阵顺序，例如253级周泰副本需用祝融战车抵消NPC的吸血效果，关羽觉醒战法则用于关键收割。
保持资源均衡分配是持续提升的关键，避免过度侧重单一副本导致发展失衡。定期参与国家试炼、古城探宝等辅助玩法，补充金币和特殊材料，最终形成以副本为核心、活动为辅助的良性循环体系。