舰船改造是无尽的拉格朗日中提升舰队战力的核心环节，其核心在于蓝图强化与模块配置。每张舰船蓝图拥有独立的武器系统，通过消耗技术值可对武器、装甲、动力等子系统进行针对性强化。技术值主要通过击败敌人获取经验值升级、完成任务奖励或研究加密技术档案获得。超主力战舰还具备额外武器槽位，强化后的效果会同步至新生产舰船，已部署舰船需返回基地后生效。
输出型舰船应优先强化主炮伤害、暴击率及冷却缩减；防御型舰船则侧重护甲值、能量抗性和减伤属性。例如装甲系统中的突进技能可调整舰船站位，将中排舰船改为前排承伤单位。子系统改造存在资源竞争，需权衡护甲强化与火力提升的平衡点，避免单一属性过度倾斜导致实战效能下降。
护卫舰因成本低廉常作为功能型单位，建议全点动力系统提升机动性；巡洋舰作为中期主力需均衡发展，推荐优先解锁重型装甲子系统；战列巡洋舰则因高指挥值消耗，必须强化生存能力，将护甲值提升至700以上方能发挥战略价值。特殊舰种如奶船应专注冷却缩减和锁定效率，完全舍弃策略技能以最大化治疗频次。
通过拆除无用舰船可获得设计图和模组，这些资源对解锁新武器槽位至关重要。工程舰需重点改造仓储容量，而载机舰则应优先激活策略技能和载机数量加成。改造过程中需注意，同一蓝图下所有子型号共享技术点，因此每次调整都需通过洗点功能重新分配，该功能位于强化界面左下角。
实战检验是改造方案的最终验证标准。建议通过模拟战斗数据调整属性配比，特别注意武器单发伤害与敌方护甲的破防关系。当单发伤害低于目标护甲值时，仅能造成10%基础伤害，需通过改造提升武器穿透或更换能量类无视护甲武器。防空型舰船要确保区域防空模块优先于自体防御，否则无法有效保护舰队整体。
高价值舰船应搭配护卫单位吸收伤害，载机舰需要配置足够数量的护航艇。通过增援功能可突破指挥值限制，将改造完成的战列巡洋舰快速投入战场。最终成型的舰队应形成火力梯度，前排装甲舰与后排输出舰的比例建议维持在1:2，治疗舰数量不超过编队总量的15%。