通关一周目后，二周目的开启需要满足特定条件并触发系列剧情。首先需确保图鉴收集超过60种宝可梦，大木博士会主动上门，将图鉴升级为全国图鉴模式。随后前往精灵联盟挑战四天王，会发现冰系天王科拿暂时离开，剧情引导玩家前往一岛继续任务。在一岛的精灵中心与NPC对话，得知修复通信机器需要红宝石，这是开启七岛探索的关键道具。
红宝石位于灯火山区域，需从一岛右侧冲浪抵达。登山过程中会遭遇火箭队残党，击败他们后进入洞穴深处获取红宝石。将红宝石交给精灵中心的NPC后，会解锁彩虹通行证，允许玩家自由往返七岛。二周目的核心剧情正式展开，玩家需依次探索七岛，解决火箭队残余势力并寻找蓝宝石。
四岛是后续剧情的重要节点，玩家需在科拿家的冰洞中学会攀瀑技能，击败火箭队成员后得知五岛仓库是他们的下一个目标。五岛仓库需要密码才能进入，而密码线索藏在六岛的洞穴中。六岛的标记森林和变化洞穴是捕捉稀有宝可梦的地点，但主线需专注于洞穴内蓝宝石的获取。拿到蓝宝石后会被NPC抢走，需返回五岛仓库击败火箭队夺回。
完成七岛任务后，返回一岛交付蓝宝石，通信机器修复完毕。可前往七岛的训练师塔挑战高难度对手，或探索遗迹捕捉未知图腾。若未在一周目捕获三神鸟，二周目可在特定地点补抓：闪电鸟位于无人发电厂，火焰鸟在灯火山顶层，急冻鸟需通过双子岛的水道调整后遇见。华蓝洞窟的超梦是二周目的终极挑战，需用碎岩技能开路并击败LV70的超梦。
二周目的流程设计强调探索与解谜，玩家需灵活运用冲浪、攀瀑等秘传技能，同时注意火箭队分支剧情的衔接。七岛地图的开放性和隐藏要素增加了游戏时长，但主线逻辑清晰，逐步推进即可完成全部内容。