帝王三国2的副本系统设计丰富，包含普通、精英、传说三种基础难度以及隐藏组队副本。普通副本是新手入门的主要途径，通关后解锁精英难度，而传说副本需在精英副本通关后开放。不同难度不仅影响经验值和装备掉落概率，还涉及名将俘虏等特殊机制。军令是副本闯关的核心资源，每日上限60个，随时间自动恢复，也可通过黄金或礼金购买。
精英和传说副本中隐藏的组队玩法是核心策略点。玩家可创建队伍或加入他人队伍共同挑战，极品装备通常藏于此类副本。组队副本对配合要求较高，需合理分配兵种与将领站位。布阵系统允许玩家在战前调整部队位置，通过拖动方阵实现战术布局，例如针对敌方后排高输出单位采用最优攻击指令，或利用兵种克制形成局部优势。
讨伐山贼是另一种PVE玩法，其等级随君主实力解锁。每日可讨伐100次，通过雇佣兵系统补充战力，消耗白银招募帮手协同作战。山贼讨伐虽无副本的剧情深度，但提供稳定的经验与资源收益，适合日常快速提升。需注意切换山头存在冷却时间，需规划好讨伐顺序以最大化效率。
千军战作为多人团战模式，将副本策略延伸至更大规模。战役分为四场连续战斗，玩家需逐步突破关卡，通过统兵战与斗将战的组合调整战术。此玩法奖励白银与礼金，但需谨慎分配将领经验与兵力，避免后期战力不足。名将培养在此类玩法中尤为重要，成长值通过洗髓丹提升，品质进阶至紫色后可解锁高级战技，显著增强队伍整体实力。
资源管理与科技研究是支撑副本玩法的底层逻辑。白银用于征收、装备购买及兵种招募，礼金则用于购买稀有道具。科技树通过领地书院升级，影响兵种属性与战斗加成。玩家需平衡副本收益与资源消耗，例如优先完成主线任务激活强化功能，或利用首次通关的多倍经验快速提升君主等级，从而解锁更高级别的副本内容。